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吴孟明继续他的巡查，这一行的目的就是要震慑蒙古人，让他们知道大明皇帝的威严与仁慈。对于收蒙古人之心是非常重要的一件事。
经过由大理寺卿组织的特别法庭审理后，王洽被剐于西市，张惟贤被腰斩弃市，王治被斩首示众，其他人犯均被斩首或者处以绞刑。
而借此机会，皇帝又以心怀怨意的罪名，罢黜了一部分和王洽气味相投的朝廷官员，其中大部分是东林人。而且还规定，以后京师大学堂招生，将不再允许在东林书院进修过的学子报名。
这个决定让方从哲等人拍手相庆，而叶向高等人则大为沮丧。这天阁臣开会时，叶向高道：“陛下，不准东林人报考京师大学堂，一来对东林人不公，二来会激起他们心里的怨气，而对陛下的政策说三道四，老臣以为，这殊为不智。”
朱由校说：“朕不过是不准他们报考京师大学堂而已。古语有云，道不同不相为谋。东林兴理学而弃心学，朕欲兴心学而弃理学，既然方向不同，那又何必强求。再说朕只是不要他们报考京师大学堂，又没有说不让他们参加科举。另外，如果想要报考京师大学堂也行，只需要写一纸声明，表示不同意东林书院的理学观点，而拥护朕所提倡的心学，那么还是可以报考的。”
叶向高道：“陛下，老臣看陛下平日所说，便是要听百家之言，东林虽然与陛下所持相左，不也是可以为他山之石吗？”
朱由校笑道：“叶师，您所说的正是朕所想的，确实是要听百家之言。但听取百家之言，是朕最后的目标，在实现这个目标的过程中，如果有人或者团体与朕看法不同，朕是不会听的。朕对东林人的看法与叶师，与朝中众臣都有不同。不是说出自东林书院的人就是东林人，而是只要与朕的想法相左的就是东林人。”
“朕想要限制皇权，朕想要让每个人都平等，朕想要这天下的官员都不贪污，哦，这个是不可能的，但是可以想办法，让他们不敢贪污，一贪污就会被捉住。这些都是朕的想法，而要实现朕的想法，那就首先要树立朕的权威。要让朕说的话，天下人都拥护，当然，全部拥护是不可能的，但作为读书人，至少不能公开反对。”
“叶师自然知道《东林会约》，里面规定以会籍登记书院讲会同人，会中称同志友、同志、吾党、各郡各县同志、同志会集等，他们集在一起，讽议朝政，裁量人物，这还是学院吗？这是要讲学吗？这是要公然与朕作对。试问叶师，如果您坐在朕的位置上，您能容忍吗？”
“本来朕是准备禁毁东林书院的，但后来想了一下，东林人也并不是全部如此，象叶师，孙阁老都是明白人，如果禁毁书院，则会让诸位面子上不好看。所以最后才决定用这样的方法要警示他们，希望他们不要做得太过火。”
朱由校其实说得已经是比较隐晦了，如果真的禁毁东林书院，则大臣们一定会攻击叶向高和孙承宗等人，必让他们下台才安心。
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