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书院作为一种教育组织形式，并以“书”为名，显然与它的藏书功能是分不开的。书院的教育功能是以藏书功能为前提的，“书院之所以称名者，盖实以为藏书之所，而令诸士子就学其中者也”。
首先，书院保存了大量的传统文化典籍。这些典籍无论从文化传播学的视角还是从学术研究的视角来看，都是弥足珍贵的。
比如钟山、紫阳、敷文三所书院所珍藏的武英殿刊本的“十三经”“二十二史”等，以及白鹿洞、岳麓两书院珍藏的《御纂日讲解义》等古籍，为研究古代的历史文化提供了翔实的资料。另外，由于书院与学派的发展存在密切联系，故而许多学术大家的著述文字，也通过书院刊印、收藏得以保留下来。
其次，书院的刻书与印书等文化活动，不仅传播了文化，而且促进了文化的下沉和知识的大众化，推动了书院学术研究活动。
如朱熹所编撰的《论语集注》《论语要义》《近思录》《孟子集注》等二十多部具有影响力的著作，一方面，使理学成为学术的关注重点，另一方面，扩大了理学的影响面。又如阮元在主政学海堂和诂经精舍期间，刊刻了《朱子大全集》《十三经注疏》《诂经精舍》等一大批儒家文献。
再次，值得注意的是，书院的藏书不仅仅服务于书院的师生，而且可以外借，使书院成为“公共图书馆”，直接服务于儒家文化的传播。
益阳箴言书院允许院外士人借阅书籍：“凡院外之人愿读某书者，自具薪水蔬油来院，呈明监院，限以日月而借之。仍不许出院门。”
江宁惜阴书院也是如此，“俾本籍士子无书者得诣书院借读”
书院是七星大陆之上，一种独特的教育制度，不同于宗门却又有着极其相似之处，它集教学、学术、藏书为一体。
书院产生于唐末五代，其时， “前代庠序之教不修，士病无所于学，往往相与择胜地，立精舍，以为群居讲习之所”。
书院在宋、明时期进入了鼎盛时期，明代王圻《续文献通考》记载：“宋自白鹿、石鼓、应天、岳麓四书院后，日增月益。书院之建，所在有之。”其“田土之锡，教养之规，往往过于州县学”。
书院有着深厚的私学传统，宋书院与官学相比，体现了一种更为尊重学术、倡导争鸣的教育精神和气象，正是这种精神和气象，代表和促进了儒学教育发展的新高度。
书院对儒学的推动，在宋明时期主要表现在三个方面：一是促进了儒学作为一种哲学思想即广义的“宋明理学”的发展，二是在一定程度上促进了宋明理学与政治的结合，发扬了儒学教育关切世俗民生的勇气和精神，三是促进了地域性学术中心的形成。
书院自产生后，便与儒学自身的每一次蜕变如影随形，成为儒学学理衍生、阐发和传播的重要场所。书院开办者的初衷大多在于兴理学、明节义，朱熹在制定《白鹿洞书院揭示》时就曾说过：“熹窃观古昔圣贤所以教人为学之意，莫非使之讲明义理，以修其身，然后推以及人，非徒欲其务记览，为词章，以钓声名，取利禄而已也。”
书院极大地推动了“程朱理学”和“陆王心学”的发展，前者代表人物有程颢、程颐、朱熹等，后者则以陆九渊、王守仁等为代表，这些人都是当时主持各大书院的著名学者，书院是他们研究学问和传播学术思想的重要场所，他们的许多学术著作都是南教学讲义整理而来，如朱熹的《四书集注》、《朱子语类》、王阳明的《传习录》、陆九渊的《语录》等，这些讲义立足于儒家经典，却又能脱出训诂，着重从中发掘新的义理，通过对心性与本体、伦理与天道、人与世界等关系的探讨与诠释，把儒学推进到了进行形而上学的本体论思考的阶段。
“鹅湖之会”发生在鹅湖书院，以为学之本应是“道问学”还是“尊德性”的争论为契点，程朱理学与陆王心学开始了全面交锋的历程口]。
正是在这些讲学和辩道的过程中，宋明理学先后经历程朱理学、陆王心学的繁荣，在逻辑结构、价值方向等各方面都改变了传统儒学的面貌。
另一方面，儒学历来以“济世”为追求，作为儒学发展新阶段的宋明理学也借助书院来实现它与政治的结合。宋、明书院培养了大量具有儒家理学思想的儒生，这些儒生在官学尚不完备时期足封建官员的主要来源；一些主持书院的著名学者本身就是封建王朝任命的官员。
随着宋、明中期以后对书院控制的加强，许多书院更是几乎由学术研究和传播的机构沦为生们的仕进工具，在科举制度和官学的渗透和挤压下走向萎缩和变异。
但无论是兴盛还是变异时期，书院教育都力图通过向、王朝输送人才及其学术观点和政治理念，使理学在宋明时期成为强化礼教、维护宗法制度的重要思想支柱。
在吏治败坏、科场腐化的时期，书院还发挥其讽时议政的功能，书院师生不屈不挠地与腐败官吏和封建朝廷进行斗争，宣扬政治改良的会理想。
当然，书院儒学教育的发达不仅仅表现在新学术流派和学术观点的产生上，还表现在区域性学术中心的形成上。
宋明理学按学术思想的不同又分为濂、洛、关、闽四大流派，这四大流派是根据当时学者居住讲学的地域名称来划分的。周敦颐居濂溪，称濂学；程颢、程颐是洛阳人，称洛学；张载曾讲学关中，称关学；朱熹讲学福建(简称闽)，称闽学，四地也因此而成为当时的学术重地。
宋明时期以书院为中心的学术文化比较发达的地区还包括以岳麓书院为中心的湖湘一带，以鹅湖书院、白鹿洞书院为中心的江西，以丽泽书院、茅山书院为中心的江南等。教育的发达、学术的繁荣、儒学大师的聚集等诸多因素共同推动了地区文化教育中心的形成。
二、书院本身所具备和创造的适合儒学发展的因素，包括丰富的藏书、云集的理学大师、成熟的办学体制以及自由的学术氛围和传统。
第一，藏书既是书院的内在功能之一，又是其教学和研究的重要的物质条件。书院的藏书以儒家经典为主，主要是来自三个方面。是官府赐书。这是封建朝廷彰显其崇儒重教的文教政策的重要手段。
著名书院大多都曾获得过朝廷赐书。如宋淳熙八年，朝廷赐白鹿洞书院御书石经和监本《九经注疏》、《论语》、《孟子》等书；岳麓书院在咸平四年也得到朝廷以诸经释文义疏等相赐。
二是私人捐赠。这也是书院藏书的主要来源。南宋时，朱熹将自己所藏《汉书》44部送白鹿洞书院，“以备学者看读”。有的学者还捐赠个人新著，这些对书院开展学术交流，提高研究水平极有帮助。
三是书院自己购置和刊刻图书。宋明时期经济比较繁荣，印刷业展迅速，这为书院自己购置和刊印书籍提供了物质基础。
儒家经典中的四书五经及宋明理学大师们的著作、讲义等是当时为学人们必备的教材，也是书院购置刊印的主要部分。在历史长河中积淀下来的书院的藏书数量极为可观，如北宋时期的应天府书院成立时就聚书千卷。
第二，儒学大师是书院的灵魂和支柱。书院的诞生自儒家学者开坛讲学、坐而论道始，书院的兴盛发达也始终与当世著名的理学、心学大师的参与息息相关。
全祖望在《答张石痴征士问四大书院贴子》中说：“故厚斋谓岳麓、白鹿，以张宣朱子而盛；东莱之丽泽、陆氏之象山，并起齐名，四家之徒遍天下。”说明了当世大儒对书院发展的重要性。
明以后，朝政极为腐败，勇于担当社会道义的、批判社会黑暗面的学者如顾宪成、高攀龙等据于东林书院，讲习之余，讽议朝政，裁量人物，使“庙堂亦有畏忌”，尽管后来书院遭到了禁毁，许多书院学者被迫害致死，但是它所传达的“风声雨声读书声声声入耳，家事国事天下事事事关心”
以著书立说、教书育人为大任的儒家学者们，其是代表了儒学发展新高度的宋明性理之学的大师们保证了书院教育的学术水平，形成了书院特殊的人格和气象，是书院成为精神提升的殿堂而不是为官求学的工具和保障，也是以求义理、明明德为追求的儒学教育得以存延发扬的基础和保障。
